Assassins Creed Rogue se encaixa entre os eventos dos jogos Assassins Creed III, e Assassins Creed: Unity, tanto que o final de Rogue tem ligação direta com o começo do unity. A história acompanha o assassino Shay Patrick Cormac que após um trabalho em Lisboa ter fracassado Shay se revolta com o mestre assassino Achilles e ambos começam uma batalha mortal.
Após supostamente Shay ter sido morte por seu antigo mestre, ele se vê fazendo novas amizades com os templários, e acaba se tornando um caçador de assassinos. Como templário Shay tem acesso a diversas armas, como as lâminas fantasmas, pistolas, espingardas e lançador de granadas
