Em PES 2013 a jogabilidade ganhou uma reformulação, graças ao novo sistema PES FullControl (PES FC). Com ele você tem liberdade total de controle, executando passes, chutes e dribles de forma mais personalizada. Ele foca principalmente nas habilidades das maiores estrelas do futebol mundial de 2013.
No Pro Evolution Soccer 2013 os goleiros ganharam movimentos baseados nos craques da vida real, sendo uma novidade para a época, a reposição de jogo para armar um contra-ataque, a defesa a um chute difícil, etc. A inteligência artificial também contou com melhorias, com uma participação mais eficiente e real dos jogadores na composição dos sistemas táticos de cada equipe.
