Vários anos após os eventos de Warriors Orochi 2, os guerreiros da era dos Três Reinos da China e do período Sengoku do Japão começaram a reconstruir suas vidas no mundo trançado dimensional após a morte permanente de Orochi. A paz não deve durar por muito tempo, porém, como uma monstruosa besta de oito cabeças serpente conhecida como Hydra aparece e massacra os guerreiros. Combinado com a ressurreição de Kiyomori Taira eo reaparecimento de Da Ji, que lavagem de cérebro os heróis restantes, os guerreiros são deixados em caos. Os três heróis restantes - Ma Chao, Sima Zhao e Hanbei Takenaka - estão prestes a ser derrotados, se não pela intervenção da Princesa da Lua, Kaguya, que afirma ter sido enviada do mundo místico para ajudar os guerreiros. Ela usa sua capacidade de viajar no tempo para enviar os três de volta no tempo, para que eles serão capazes de salvar seus companheiros de determinado destino.
